El agua que llega a la zona metropolitana de Guadalajara presenta turbiedad y malos olores porque se extrae del lago de Chapala, cuya calidad está gravemente afectada por la contaminación proveniente de descargas residuales y escurrimientos agrícolas. El agua se conduce a la ciudad por dos rutas principales: el Sistema Antiguo, que utiliza el cauce del río Santiago y lleva aproximadamente 2.5 metros cúbicos por segundo, y el acueducto Chapala-Guadalajara, inaugurado en 1992, que transporta 4.1 metros cúbicos por segundo. Ambos sistemas atraviesan tramos contaminados del río Santiago, donde se detectan altos niveles de coliformes fecales, solidos suspendidos y baja concentración de oxígeno disuelto, lo que representa riesgos para el consumo humano. Las autoridades del SIAPA suministran alrededor de 348.5 millones de metros cúbicos de agua al año, provenientes de cuatro fuentes: el lago de Chapala (60.2% del suministro), la presa Elías González Chávez (17.2%), pozos subterráneos (21.9%) y manantiales (0.6%). La calidad del lago se ha visto comprometida por la presencia de metales pesados y una alta carga orgánica, lo que ha llevado al gobierno estatal a anunciar la suspensión temporal del Sistema Antiguo y a presentar un ambicioso plan de emergencia que incluye la construcción de nuevas plantas potabilizadoras, la rehabilitación de infraestructura y la inversión de miles de millones de pesos en la modernización del sistema de abasto. Además, se proyecta la creación de un nuevo acueducto sustituto y la ampliación de plantas potabilizadoras para aumentar la capacidad de tratamiento del agua. Estas medidas buscan mitigar la crisis que afecta a más de 5.5 millones de habitantes de la región.